■平成13年
地域科学研究科(修士課程)の設置
工学研究科 生命工学専攻，応用情報学専攻，応用精密化学専攻，電気電子工学専攻(博士前期課程)の設置

■平成14年
教育学研究科カリキュラム開発専攻(修士課程)の設置
医学研究科(博士課程)5専攻を改組
医科学専攻(博士課程)及び再生医科学専攻(博士前期・後期課程)の設置
流域圏科学研究センターの設置(流域環境研究センターの廃止)
工学部 6学科を9学科に改組
医学部附属病院光学医療診療部の設置
21世紀COEプログラム採択(連合獣医学研究科)

■平成15年
生命科学総合実験センター及び総合情報メディアセンターの設置(遺伝子実験施設，総合情報処理センター，機器分析センター及び生涯学習教育研究センター並びに教育学部附属カリキュラム開発研究センター，医学部附属嫌気性菌実験施設及び医学部附属動物実験施設の廃止)
特色ある大学教育支援プログラム〔特色GP〕採択(医学部)

■平成16年
国立大学法人 岐阜大学となる
医学部及び同附属病院が柳戸地区に移転統合
応用生物科学部の設置(農学部の改組)
教養教育推進センターの設置
人獣感染防御研究センターの新設(学内プロジェクト研究センター)
21世紀COEプログラム採択(流域圏科学研究センター)
特色ある大学教育支援プログラム〔特色GP〕採択(教育学部)
現代的教育ニーズ取組支援プログラム〔現代GP〕採択(教育学部)
現代的教育ニーズ取組支援プログラム〔現代GP〕採択(応用生物科学部・地域科学部)

■平成17年
医学研究科を医学系研究科に名称変更
医学系研究科看護学専攻(修士課程)の設置
先端創薬研究センターの新設(学内プロジェクト研究センター)

■平成18年
工学研究科 7専攻を10専攻に改組
地域科学部 1学科を2学科に改組
金型創成技術研究センターの新設(学内プロジェクト研究センター)
未来型太陽光発電システム研究センターの新設(学内プロジェクト研究センター)
大学・大学院における教員養成推進プログラム採択(教育学部)

■平成19年
連合創薬医療情報研究科(博士課程)の設置
社会人教育を充実するため工学研究科博士前期課程入学定員増(工学部夜間主コースの廃止)
医学部附属地域医療医学センターの設置
応用生物科学部附属野生動物救護センターの設置
現代的教育ニーズ取組支援プログラム〔現代GP〕採択(医学教育開発研究センター)
新たな社会的ニーズに対応した学生支援プログラム〔学生支援GP〕採択

■平成20年
教育学研究科(教職大学院課程)の設置
応用生物科学研究科の設置(農学研究科の改組)
社会資本アセットマネジメント技術研究センターの設置(学内プロジェクト研究センター)
戦略的大学連携支援事業採択
大学院教育改革支援プログラム〔大学院GP〕採択

■平成21年
農業別科の廃止
応用生物科学部附属野生動物救護センターを応用生物科学部附属野生動物管理学研究センターに改編
戦略的大学連携支援プログラム採択(2件)
科学技術振興調整費「戦略的環境リーダー育成拠点形成」採択

■平成22年
医学教育開発研究センターが全国の医学教育共同利用拠点に認定
人間医工学研究開発センターの設置(学内プロジェクト研究センター)
応用生物科学部附属比較がんセンターの設置
科学技術振興調整費「女性研究者支援モデル育成」採択
科学技術振興調整費「イノベーション創出若手人材養成」採択
岐阜大学イノベーション創出若手人材養成センターの設置
大学改革推進等補助金「口蹄疫等家畜伝染病に対応した獣医師育成環境の整備事業」採択

■平成23年
人獣感染防御研究センター及び先端創薬研究センターの廃止(任務終了による)
キャリアセンターの設置
大学改革推進等補助金「口蹄疫等家畜伝染病に対応した獣医師育成環境の整備事業」採択
科学技術人材育成費補助事業「テニュアトラック普及・定着事業(機関選抜型)」採択

■平成24年
複合材料研究センターの設置(学内プロジェクト研究センター)
研究推進・社会連携機構の設置(産官学融合本部の廃止)
サテライトキャンパスの設置
大学改革推進等補助金「産業界のニーズに対応した教育改善・充実体制整備事業」採択

■平成25年
工学部 9学科を4コースに改組
応用生物科学部共同獣医学科の設置(獣医学課程の改組)
教育学研究科(修士課程) 3専攻を2専攻に改組
みず再生技術研究推進センターの設置(学内プロジェクト研究センター)
旧早野邸セミナーハウスの設置
医学部付属病院北診療棟の設置

■平成26年度
図書館本館増築・改修竣工
総合研究棟IIの設置
未来型太陽光発電システム研究センター・人間医工学研究開発センター廃止

■平成27年度
大学院教育学研究科教職実践開発専攻の特別支援学校コースを特別支援教育コースに名称変更
教育学部学校教育教員養成課程社会科教育講座の法律、経済、哲学の3専攻を統合し、現代社会に名称変更
家畜衛生地域連携教育研究センター設置
地域減災研究センター設置
研究推進・社会連携機構 次世代エネルギー研究センター設置
科学技術人材育成費補助事業「ダイバーシティ研究環境実現イニシアティブ(連携型)」採択
機器分析分野医学施設を廃止し、一元化
金型創成技術研究センター・複合材料研究センター・みず再生技術研究推進センター廃止

■平成28年度
微生物遺伝資源保存センター(GCMR)設置
次世代金型技術研究センター設置
iCeMS岐阜大学サテライトや比較がんセンター等を再編し、生命の鎖統合研究センターを設置

■平成29年度(2017)
教育学研究科教職実践開発専攻を改組し，学校管理職養成コースと教育実践開発コースを設置
教育学部附属学習協創開発研究センターを設置
工学部　附属知能科学研究センター及び附属応用気象研究センターを設置
工学研究科，応用生物科学研究科，医学系研究科再生医科学専攻を再編し，自然科学技術研究科(修士課程)を設置
本学敷地内(柳戸地区)に、岐阜県中央家畜保健衛生所が開所した。

■平成30年度(2018)
スマート金型開発拠点棟の設置
研究推進・社会連携機構　地方創生エネルギーシステム研究センター,地域連携スマート金型技術研究センター及びGuコンポジット研究センターを設置

■平成31年度(2019)
アーカイブ・コアの設置
グローカル推進本部を改組し，グローカル推進機構を設置
連合獣医学研究科の募集を停止し,共同獣医学研究科を設置
工学研究科博士課程を改組し、生産開発システム工学、物質工学、電子情報システム工学、環境エネルギーシステムの4専攻を統合し工学専攻を設置
航空宇宙生産技術開発センターを設置
国際連携専攻を4専攻設置
兵庫教育大学大学院連合学校教育学研究科への参加を開始
本学敷地内(柳戸地区)に、岐阜県食品科学研究所が開所

■令和2年(2020)度
研究推進・社会連携機構　地域環境変動適応研究センターを設置
国立大学法人岐阜大学と国立大学法人名古屋大学を統合し、国立大学法人東海国立大学機構を設立
医学系研究科医療者教育学専攻(修士課程)を設置
義務教育学校への移行に伴い、教育学部附属小学校及び教育学部附属中学校を閉校し、教育学部附属小中学校を開校
高等研究院　Coデザイン研究センターを設置

■令和3年度(2021)
社会システム経営学環を設置
本学敷地内(柳戸地区)に、航空宇宙生産技術開発センターが開所
応用生物科学部附属岐阜フィールド科学教育研究センターに、スマート環境制御対応温室が設置

■令和4年度(2022)
工学部附属プラズマ応用研究センターを設置

■令和5年度(2023)
工学部附属宇宙研究利用推進センターを設置
本学敷地内(柳戸地区)に、糖鎖生命コア研究所岐阜研究棟が開所
本学敷地内(柳戸地区)に、Tokai Open Innovation Complex岐阜サイト(愛称：OKB岐阜大学プラザ)が開所

■令和6年度(2024)
医学部附属量子医学イノベーションリサーチセンターを設置
環境社会共生体研究センターを設置